Nama awal Museum Wayang ini adalah "De Oude Hollandsche Kerk" yang berarti "Gereja Lama Belanda" yang dibangun pada tahun 1640.
Sesuai dengan namanya,Gedung bersejarah ini memiliki beragam jenis dan bentuk wayang dari seluruh Indonesia, Baik yang terbuat dari kiulit maupunya yang terbuat dari kayu. Selain itu,disini juga anda bisa menemukan wayang-wayang dari luar negeri misalnya dari Kamboja dan Cina.
Hingga saat ini, Museum Wayang memiliki koleksi wayang hinggal lebih dari 4.000 buah , terdiri atas wayang golek, wayang kulit, , wayang kardus, wayang rumput, wayang janur, topeng, boneka, wayang beber dan gamelan. Umumnya boneka yang dikoleksi di museum ini adalah boneka-boneka yang berasal dari Eropa meskipun ada juga yang berasal dari beberapa negara non-Eropa seperti Thailand, Suriname, Tiongkok, Vietnam, India dan Kolombia.